Department of Biomedical Engineering   
Group of Bioinformatics and Biophysics of Nanopores
Home | Login
 
 
Publications   Bachelor and Masters Projects  
Bachelor and Masters Projects
  • Bioinformatyczny opis i klasyfikacja domen w białkach NLR w grzybach.
    (Bioinformatic classification of domains in NLR proteins in fungi.)
    Łukasz Miaśkiewicz, WPPT, Biomedical Engineering, 2017, Masters Project
    supervisor: Witold Dyrka, PhD, D.Sc, Eng

  • Ilościowa analiza języka sekwencji aminokwasowych.
    (Quantitative analysis of language of amino acid sequences.)
    Marta Marciniak, WPPT, Biomedical Engineering, 2017, Masters Project
    supervisor: Witold Dyrka, PhD, D.Sc, Eng

  • Ocena śmierci komórkowej w ludzkich komórkach gruczolakoraka piersi pod wpływem reakcji fotodynamicznej.
    (Evaluation of cell death in human breast adenocarcinoma cells under the influence of the photodynamic therapy.)
    Izabela Gacek, WPPT, Biomedical Engineering, 2016, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Jolanta Saczko, PhD, D.Sc (Wrocław Medical University)

  • Ocena metodą testu klonogennego wpływu elektroporacji milisekundowej na mysie komórki guza chromochłonnego - badanie in vitro.
    (Assessment of the Influence of Milisecond Electroporation on Mouse Pheochromocytoma Cells with the Clonogenic Assay - study in in vitro.)
    Michał Andruszkiewicz, WPPT, Biomedical Engineering, 2016, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Julita Kulbacka , PhD, Eng (Wrocław Medical University)

  • Analiza dokładności bioinformatycznego narzędzia do badania funkcjonalnej charakterystyki przepływowej kanałów jonowych w zależności od parametrów symulacji.
    (Analysis of accuracy of bioinformatical tool for studies of functional flow characteristics of ionic channels with regard to simulation parameters.)
    Marek Kowalczyk, WPPT, Biomedical Engineering, 2016, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Ocena immunohistochemiczna białek macierzy zewnątrzkomórkowej w tętniaku aorty brzusznej.
    (Assessment of Extracellular Matrix Proteins in Abdominal Aortic Aneurysm with Immunohistochemical Methods.)
    Emilia Krzywiecka, WPPT, Biomedical Engineering, 2016, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Agnieszka Chwiłkowska , PhD (Wrocław Medical University)

  • Ocena testem klonogennym wpływu elektroporacji milisekundowej na ludzkie komórki raka trzustki.
    (Evaluation of the Influence of Millisecond Electroporation on Human Pancreas Cell with Clonogenic Assay.)
    Wioleta Więckowska, WPPT, Biomedical Engineering, 2016, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Anna Choromańska , PhD (Wrocław Medical University)

  • Białka krystaliny beta i gamma i ich związek z występowaniem zaćmy - baza danych.
    (Beta and gamma crystallin and their association with the cataract type - database.)
    Andrzej Łabowski, WPPT, Biomedical Engineering, 2016, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Internetowe narzędzie do generowania trójwymiarowych modeli strukturalnych białek w oparciu o mapy kontaktów.
    (On-online tool for generating three dimensional protien structures based on residue-residue contact maps. )
    Marika Ciombor, WPPT, Biomedical Engineering, 2015, Masters Project
    supervisor: Bogumił Konopka, PhD, D.Sc, Eng

  • Określenie wpływu elektroporacji na komórki guza chromochłonnego - badanie in vitro.
    (Specifying the influence of electroporation on pheochromocytoma cells - study in vitro.)
    Ewa Latawiec, WPPT, Biomedical Engineering, 2014, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Julita Kulbacka , PhD, Eng (Wrocław Medical University)

  • Oddziaływanie elektroporacji nanosekundowej na biologiczne błony komórkowe - badania in vitro.
    (Influence of nanosecond electroporation on biological cell membrane - in vitro study.)
    Daniel Sala, WPPT, Biomedical Engineering, 2014, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Julita Kulbacka , PhD, Eng (Wrocław Medical University)

  • Interaktywne narzędzie do symulacji przewodnictwa kanałów jonowych w oparciu o model Poissona-Nernsta-Plancka.
    (Interactive tool for simulating conductivity of ionic channels based on Poisson-Nernst-Planck model.)
    Wojciech Cichowski, WPPT, Biomedical Engineering, 2014, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Zastosowanie sieci neuronowych do wyboru optymalnych modeli białek uzyskanych z map kontaktów.
    (Application of neural nets for selecting optimal protein models obtained from contact maps.)
    Paulina Szklarska, WPPT, Biomedical Engineering, 2014, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Wpływ parametrów elektroporacji impulsowej na błony komórek nowotworowych - badanie in vitro.
    (Influence of pulse electroporation parameters on membranes of cancer cells - study in vitro.)
    Martyna Zowczak, WPPT, Biomedical Engineering, 2014, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Anna Choromańska, PhD (Wrocław Medical University)

  • Ocena spektralnych właściwości związków z grupy cyjanin i ich właściwości fotouczulających w ludzkich komórkach płaskonabłonkowego raka płuca A549.
    (Evaluation of spectral and photosensitizing properties of cyanine complexes on human squamous lung cancer cells A549.)
    Hanna Pstraś, WPPT, Biomedical Engineering, 2014, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Agnieszka Chwiłkowska, PhD (Wrocław Medical University)

  • Modelowanie struktury nanoporów amyloidowych metodą homologii i nawlekania.
    (Modeling structure of amyloid nanopores using homology and threading.)
    Kamil Ryba, WPPT, Technical Physics, 2014, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Internetowa baza danych peptydów amyloidogennych.
    (Online database of amyloidogenic peptides.)
    Paweł P. Woźniak, WPPT, Computer Science, 2014, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Ocena ekspresji białek szoku cieplnego HSP27, HSP70 i HSP90 w ludzkich komórkach nowotworowych po chemioterapii i elektrochemioterapii w warunkach in vitro.
    (Evaluation of heat shock proteins HSP27, HSP70 i HSP90 in human carcinoma cells after chemotherapy and electrochemotherapy in vitro.)
    Justyna Kutkowska, WPPT, Biomedical Engineering, 2014, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Jolanta Saczko, PhD, D.Sc (Wrocław Medical University)

  • Modeling probable structure of amyloid pores.
    (Modelowanie potencjalnej struktury porów amyloidowych.)
    Magdalena Żulpo, Chemistry Department, Bioinformatics, 2014, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Struktury lustrzane jako alternatywne struktury przestrzenne białek.
    (Mirror-images as an alternative protein structures.)
    Ewa Kania, WPPT, Biomedical Engineering, 2014, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Monika Kurczyńska, MSc., Eng. (Wrocław University of Technology)

  • Charakterystyka transportu wybranych związków przez błony lipidowe poddane elektroporacji.
    (Transport characteristics of selected  compounds through electroporated lipid membranes.)
    Marzena Malicka, WPPT, Biomedical Engineering, 2014, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Jolanta Saczko, PhD, D.Sc (Wrocław Medical University)

  • Symulacje dynamiki molekularnej kanałów jonowych.
    (Molecular dynamic simulation of ion channels.)
    Magdalena Rucińska, WPPT, Biomedical Engineering, 2014, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Monika Kurczyńska, MSc., Eng. (Wrocław University of Technology)

  • Internetowe narzędzie do generowania trójwymiarowych modeli strukturalnych białek w oparciu o mapy kontaktów.
    (On-online tool for generating three dimensional protien structures based on residue-residue contact maps.)
    Marika Ciombor, WPPT, Biomedical Engineering, 2014, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Bogumił Konopka, MSc., Eng. (Wrocław University of Technology)

  • Analiza skupień miejsc kontaktowych białek ze względu na klasę i topologię białka.
    (Cluster analysis of protein contact sites with regard to protein class and topology.)
    Anita Sokołowska, WPPT, Biomedical Engineering, 2014, Masters Project - honorous degree in the national competition for the best Master Thesis in Bioinformatics (Polish Society of Bioinformatics, Lublin 2015)
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Elektroporacja komórek nowotworowych krótkimi impulsami o wysokiej energii.
    (Electroporation of cancer cells with short pulses of high energy.)
    Karol Rolka, WPPT, Biomedical Engineering, 2014, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Jolanta Saczko, PhD, D.Sc (Wrocław Medical University)

  • Recognition of amyloidogenic proteins with grammatical modeling.
    Florence Thirion, Chemistry Department, Bioinformatics (English Division), 2013, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: PhD. W. Dyrka

  • Efficiency of predicting contact sites and single nucleotide polymorphisms in proteins by means of correlated mutation analysis.
    Paweł P. Woźniak, WPPT, Biomedical Engineering, 2013, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Prof. Dr. G.Vriend, CMBI, the Netherlands

  • Influence of calcium concentration on breast cancer cells (MCF-7/WT and MCF-7/DX) subjected to electroporation.
    Marta Fullen, WPPT, Biomedical Engineering, 2013, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Skuteczność odtwarzania struktury białka z mapy kontaktów za pomocą dostępnych narzędzi bioinformatycznych.
    (Accuracy of protein structures, acquired from contact-based reconstruction pipeline.)
    Marika Ciombor, WPPT, Biomedical Engineering, 2013, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Opracowanie metody uczenia maszynowego do klasyfikacji fragmentów białkowych.
    (A new method for machine learning classification of protein fragments.)
    Paweł Gąsior, WPPT, Technical Physics - Physics of nanomaterials, 2012, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Badanie zależności pomiędzy charakterystyką przepływu a jakością struktury kanału jonowego odtworzoną z mapy kontaktów.
    (Study of dependence between flow characteristics and a quality of ionic channel structure reconstructed form a contact map.)
    Monika (Rybicka) Kurczyńska, WPPT, Biomedical Engineering, 2012, Masters Project - honorous degree in the national competition for the best Master Thesis in Biomedical Engineering (Polish Society of Biomedical Engineering, Warsaw 2013)
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Wpływ wybranych cyjanin o własnościach fotouczulających na parametry elektroporacji błony lipidowej.
    (Evaluation of selected photodynamic cyanines on electroporation of lipid membranes.)
    Natalia Porańska, WPPT, Technical Physics - Biomedical Engineering, 2012, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Jolanta Saczko, PhD, D.Sc (Wrocław Medical University)

  • Badanie cytotoksyczności elektroporacji w komórkach nowotworowych in vitro.
    (Cytotoxicity study of electroporation in cancer cells in vitro.)
    Dawid Liwoch, WPPT, Biomedical Engineering, 2012, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Jolanta Saczko, PhD, D.Sc (Wrocław Medical University)

  • Badanie skuteczności elektrochemioterapii w komórkach nowotworowych in vitro.
    (Study of the effectiveness of electrochemotherapy in cancer cells in vitro.)
    Rafał Kapusta, WPPT, Biomedical Engineering, 2012, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Jolanta Saczko, PhD, D.Sc (Wrocław Medical University)

  • Badanie charakterystyki miejsc kontaktowych w białkach ze względu na typ białka.
    (The study of contact sites in proteins with regard to the protein type.)
    Paweł P. Woźniak, WPPT, Biomedical Engineering, 2012, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Zastosowanie algorytmów podobieństwa semantycznego do porównywania funkcji białek. Standaryzacja miar podobieństwa semantycznego.
    (Use of semantic similarity algorithms for comparing protein functions. Standardization of semantic similarity measures.)
    Tomasz Gołda, WPPT, Biomedical Engineering, 2012, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Działanie cyjanin w terapii fotodynamicznej wspomaganej elektroporacją – badania in-vitro na dwóch wybranych związkach.
    (Evaluation of cyanine effectivness in photodynamic therapy supported by electroporation; in-vitro study on 2 exemplary complexes.)
    Maria Bratumiła Deryło, WPPT, Technical Physics - Biomedical Engineering, 2011, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Jolanta Saczko, PhD, D.Sc (Wrocław Medical University)

  • Ocena wybranych parametrów stresu oksydacyjnego na skutek działania cyjanin w terapii fotodynamicznej wspomaganej elektroporacją; badania in-vitro na dwóch wybranych związkach.
    (Evaluation of selected parameters of the oxidative stress induced by cyanines in photodynamic therapy assisted by electroporation.)
    Joanna (Basałyga) Weżgowiec, WPPT, Technical Physics - Biomedical Engineering, 2011, Masters Project - honorous degree in the national competition for the best Master Thesis in Biomedical Engineering (Polish Society of Biomedical Engineering, Warsaw 2012)
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Jolanta Saczko, PhD, D.Sc (Wrocław Medical University)

  • Ocena peroksydacji lipidów na skutek działania chemioterapii wspomaganej elektroporacją - badania in-vitro.
    (Evaluation of lipid peroxidation in chemotherapy supported by electroporation - study in-vitro.)
    Edyta Wysokińska, WPPT, Technical Physics - Biomedical Engineering, 2011, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Jolanta Saczko, PhD, D.Sc (Wrocław Medical University)

  • Ocena poziomu uszkodzenia białek na skutek działania chemioterapii wspomaganej elektroporacją – badania in vitro.
    (Evaluation of protein damage in chemotherapy supported by electroporation - study in-vitro.)
    Paula Spaczyńska, WPPT, Technical Physics - Biomedical Engineering, 2011, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Jolanta Saczko, PhD, D.Sc (Wrocław Medical University)

  • Bioinformatyczne rozpoznawanie kontaktów w strukturze białka amyloidowego.
    (Bioinformatical recognition of contact sites in the structure of amyloid protein.)
    Artur Walaszczyk, WPPT, Informatics, 2011, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Bioinformatyczne rozpoznawanie kontaktów w strukturze białka transmembranowego.
    (Bioinformatical recognition of contact sites in the structure of transmembrane protein.)
    Krzysztof Wirga, WPPT, Informatics, 2011, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Wspomaganie komunikacji z komputerem osoby niepełnosprawnej ruchowo.
    (Supporting human-computer interaction for physically disabbled people.)
    Mariusz Kaliś, WPPT, Technical Physics - Biomedical Engineering, 2011, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Modelowanie transportu przez nanopory za pomocą dynamiki brownowskiej.
    (Modeling substance transport through nanopores with Brownian Dynamics.)
    Monika (Rybicka) Kurczyńska, WPPT, Biomedical Engineering, 2010, Bachelors Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • De novo modelling of the 3d structure of a channel protein.
    Bogumił Konopka, WPPT, Biomedical Engineering, 2009, Masters Project - best Master Thesis in the Field of Biomedical Engineering Award 2009 in the Polish Society for Biomedical Engineering Contest (I-st award ex-equo), Warsaw 2010
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Wpływ elektroporacji na selektywność transportu fotouczulacza w terapii fotodynamicznej.
    (Influence of electroporation on photosensitizer selectivity in photodynamic therapy.)
    Anna Stecka, WPPT, Technical Physics - Biomedical Engineering 2009, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Jolanta Saczko, PhD, D.Sc (Wrocław Medical University)

  • Wpływ elektroporacji na stężenie fotouczulacza w komórkach in vitro.
    (Influence of electroporation on photosensitizer concentration in cells in vitro.)
    Iwona Kamińska, WPPT, Technical Physics - Biomedical Engineering 2009, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Jolanta Saczko, PhD, D.Sc (Wrocław Medical University)

  • Optymalizacja elektroporacji w komórkach eukariotycznych.
    (Optimization of electroporation in eukaryotic cells.)
    Nina (Skołucka) Rębiałkowska, WPPT, Technical Physics - Biomedical Engineering 2008, Masters Project - II place ex-equo in the national Hasco-Lek Foundation competition 2008
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Jolanta Saczko, PhD, D.Sc (Wrocław Medical University)

  • Wspomaganie elektroporacją metody fotodynamicznej w terapii nowotworów.
    (Supporting photodynamic therapy with electroporation.)
    Mariola (Nowak) Rymarczuk, WPPT, Technical Physics - Biomedical Engineering, 2008, Masters Project - II place ex-equo in the national Hasco-Lek Foundation competition 2008
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng
    co-supervisor: Jolanta Saczko, PhD, D.Sc (Wrocław Medical University)

  • Model kooperatywności rianodynowych kanałów wapniowych.
    (A model for cooperativeness of ryanodine calcium channels.)
    Marcin Rębiałkowski, WPPT, Technical Physics - Biomedical Engineering, 2008, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Probabilistic Context-Free Grammar for pattern detection in protein sequences.
    Witold Dyrka (Director of Study: dr Jean-Christophe Nebel), CISM Faculty, Kingston University, UK 2007
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Analiza przepływu jonów przez nanopory w błonach lipidowych w oparciu o model Poissona-Nernsta-Plancka.
    (Analysis of ion flow through nanopores in lipid membranes based on the Poisson-Nernst-Planck model.)
    Witold Dyrka, WPPT, Technical Physics - Biomedical Engineering, 2006, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Model aktywacji receptorów rianodynowych metodą automatów komórkowych.
    (Cellular automaton model for ryanodine receptor activation.)
    Michał Kania, WPPT, Technical Physics - Biomedical Engineering, 2005, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Powstawanie i propagacja fali pobudzenia elektrycznego w mięśniu sercowym.
    (Electrical excitation wave induction and propagaton in myocardium.)
    Daria Gulewicz, WPPT, Technical Physics - Biomedical Engineering, 2005, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

  • Stochastyczne własności elektroporów w płaskich błonach lipidowych na podstawie analizy szeregów czasowych.
    (Estimation of stochatstic properties of electropores in flat lipid membranes using time series analysis.)
    Krystian Mirek, WPPT, Technical Physics - Biomedical Engineering, 2003, Masters Project
    supervisor: Małgorzata Kotulska, PhD, D.Sc, Eng

Home | Up
© 2009 Paweł P. Woźniak, Witold Dyrka - Powered by Marcin Masalski
administrative contact: pawel.p.wozniak@pwr.edu.pl